Met het begin van de Reformatie ontstond er een breuk tussen het klooster en de stad, toen de burgers de parochiekerken dwongen zich open te stellen voor de nieuwe leer van Luther.Met Kerstmis 1529 preekte de hervormer Nikolaus Krage voor het eerst in de St. Martini's Dit is dus ook een van de vele pluspunten van Minden: een pluspunt in belangrijke geschiedenis. Op 13 februari 1530 werd hier de protestantse kerkorde, geschreven door Krage, voorgelezen en unaniem aangenomen door kerkenraad en gemeente. Deze protestantse kerkorde was bindend voor alle burgers van de stad en de eerste kerkorde in Westfalen.
Dit betekende dat de Martinuskerk, in tegenstelling tot de katholieke kathedraal, de protestantse raadskerk was geworden. De Sint-Maartensabdij bleef katholiek - zij het met economische verliezen. De abdij werd pas in 1810 door het Koninkrijk Westfalen opgeheven. Sindsdien is de kerk een protestantse parochiekerk.